A市甲房地产公司（以下简称甲公司）注册资金1000万元，李某持有100%股权。甲公司于2016年6月，李某追加投资1000万元，取得一块开发用地，土地取得成本2000万元，无负债，公司净资产2000万元。2017年1月，公司净资产评估价值2亿元。某全国性著名房企（以下简称乙公司）战略增资甲公司2100万元，拥有甲公司51%股权，双方投资合作合同约定李某应分得税后利润不低于1.9亿元，李某投入资本金1000万元另计。乙公司全面接管甲公司，甲公司开发产品很快售馨，实现税后净利润5亿元，李某应得税后净利润2亿元。

乙公司投资2100万元拥有价值2.21亿元公司51%的股权，是“不公允出资”事件的起源。房地产开发企业股权转让涉税问题较多，一些企业则通过增资方式进行反向避税操作。乙公司以货币资金208，163，265.31元增资（其中：资本金10，408，163.27元，资本公积197，755，102.04元），投资协议约定乙公司持股51%，李某持股49%。甲公司净资产估值从2亿增加到4.08亿。

1.实质课税原则

“实质课税原则”或“实质重于形式原则”，为了防范通过合法形式达到非法避税目的，从而赋予税务机关一定的自由裁量权。上述案例，A市税务机关应当从甲公司提供的各种文件中找到了证据，结合乙公司实质全面控制甲公司，李某退出经营管理，李某获得合同约定的报酬。来判定是增资还是股权转让行为，这是决定不同税种征税的前提。

2.以转让股权名义转让房地产的税收政策冲突

《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）规定，鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100 ％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。

就上述同一事项，《国家税务总局关于股权转让不征收营业税的通知》（国税函[2000]961号）规定，对于转让方转让钦州公司的股权行为，不论债权债务如何处置，均不属于营业税的征收范围，不征收营业税。尽管营业税已退出历史，，同时该通知也已作废，但其立法精神仍值得借鉴。

如果按国税函[2000]687号、 《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函〔2011〕415号））、国税函〔2011〕415号认定规定，股权转让方式让渡土地使用权的实质是房地产交易行为应依照《土地增值税暂行条例》的规定征收土地增值。《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）对股权转让不征增值税，那么本案的股权转让行为是否按土地使用权转让行为征增值税也值得深思。

3.以转让股权名义转让房地产的涉税事项

李某按2亿元视同转让股权征收个税还是按国税函[2000]687号规定征收土地增值税？按国税函[2000]687号规定，首先应当征收土地增值税，再按转让股权征收个税，其缴纳的土地增值税可在其股权转让的个人所得税前扣除。

转让股权视同销售额2亿元，土地使用权取得成本2000万元，应交土地增值税10100万元。个税计税依据=20000-2000-10100=7900万元，应交个税=7900*20%=1580万元。

李某应交税款合计11680万元，股权转让净收益8320万元。

按国税函[2000]961号文件精神，应当按股权转让来处理涉税事。

上述两种方式处理差异很大，此类交易判定如何纳税争议也大，建议更一步明确相关政策。