《元史》里有对这一过程的详细描述。公元1274年正月，忽必烈命高丽王造舰900艘，其中可载1000石或4000石的大舰300艘，由金方庆负责建造；拔都鲁轻疾舟(快速舰)300艘，汲水小船300艘，由洪茶丘负责建造。正月15日动工，6月900艘军舰完工。如此短的时间，如此浩繁的工程量，这些舰船的质量也就可想而知了。当时造船工业发达的中国江南及沿海地区尚未被忽必烈完全征服，部分地区仍在南宋控制之下。忽必烈只能把造船的任务交给造船技术落后的高丽人。

1274年10月，元至元十一年，九百多只舰船组成的蒙古舰队在朝鲜合浦（今韩国东南庆尚道）整装待发。这支舰队的统帅是蒙古人呼敦，他奉忽必烈的命令去征讨不肯向蒙古人纳贡称臣的“蕞尔小邦”——日本。

1281年，至元十八年，忽必烈组织了当时世界上空前的大舰队：拥有近5000艘舰船和20万名士兵，其中蒙古人45000，高丽人逾50000，汉人约10万，汉人大半为“新附军”（收编的南宋军）。5月，高丽舰队先行出海，5月底抵达博多湾。主力南方舰队紧随其后，6月上旬与高丽舰队在九州外海会合。之后元军开始在九龙山登陆作战。这次远征军遇到了更顽强的抵抗。日军不断击退元军进攻，伺机组织反击。高丽统帅洪茶丘被俘后被杀，几名蒙古高级指挥官也相继阵亡。战斗持续了一个多月。7月下旬，元军粮草箭矢告罄，元军陷入进退两难的尴尬境地。

然而元军的最终灾难还在后面。8月1日，太平洋上突然刮起了猛烈的飓风，其强度远超上次。风暴持续四天，元军南方舰队基本被毁，北方舰队也损失大半。待5日风停，元军统帅范文虎等诸将“自择坚好船乘之，弃士卒十余万于山下。”日军乘机进攻，“尽死，余二三万，为其虏去。”此次大战，南方舰队全军覆没，“十万之众，得还者三人耳。”蒙古军队的第二次远征也失败了。

此次战败，飓风与元军指挥上的不当，固然是重要因素，然而其中的另一个重要原因却还是元军所使用的战船。

元朝水军主力是前南宋水师，元军征服南宋的过程中，从南宋水军收获的战船大部分是由从襄阳之战到临安入城，在汉水、长江流域江上作战、受降所得。沿海、海上所获南宋战船则是在崖山之战前后得自南宋残存政权。

当时南宋水军的主要战斗在内河与近海，南宋水师熟悉河战却不解海战。收编南宋水军装备的大都是平底船，这种船大约发明于唐代，宋以后被普遍采用。其船在结构上便于分舱，有利于军队在航行途中进行军需品的管理和装卸，但是舱板结构取代了加设肋骨的工艺，简化了主体结构，导致了船舶整体的横向强度的削弱。内河由于水平浪缓，这种船能很好的胜任，但在茫茫大海上，这种船便不那么坚固了。

忽必烈也曾命南宋故地扬州、湖南、赣州、泉州等地建造600艘战船，但至元十八年(1281年)二月，福建省左丞蒲寿庚上言“诏造海船二百艘，今成者，民实艰苦”，造船之事遂中止。此外，江浙行省的泉州、江西行省等战船营造也困难重重。据《元史》可知，第二次远征日本所用战船中，高丽军900艘战船全部由高丽建造。而可以得到确认的江南所造战船仅有至元十六年的600艘，元水军主力依旧使用的是来自南宋的内河船只。

这些船只与明代长江流域使用的“九江式哨船”形状大体相同。这样的战船吃水浅，抗风暴能力弱，普通的台风便可使其遭受毁灭性打击，更不用说是日本海的飓风了。